門診部作為醫院面向社會的重要服務窗口，同時也是連接醫院內部各科室與患者之間的橋梁科室，設有綜合門診（內科、外科、中醫科、康復科、骨科、婦科、兒科等學科診室）、專家門診、傷口門診、靜療門診、便民門診、多學科門診等，各診室均由本市各公立醫院工作多年、經驗豐富的高年資醫師、資深護師出診，福建醫科大學附屬第二醫院專家定期到院坐診，全方位滿足患者的不同健康需求?，F有門診部醫護團隊20多名，其中主任醫師2名，副主任醫師4名，主治醫師7名。 
門診部環境溫馨舒適，設備設施齊全，設有門診實行預約掛號、現場掛號等多種掛號方式，縮短患者等候時間，設立導診臺、服務中心，為患者提供就醫咨詢、導診分流、健康宣教等服務，配置專用無障礙衛生間、候診區、飲水機、輪椅、平車等便民服務措施。除日常診療服務外，門診部還提供健康體檢、慢性病管理、健康咨詢等健康管理服務。